W sezonie 2001/02 wygrał rozgrywki Championnat National i po 55 latach przerwy powrócił na drugi szczebel ligowy. Latem 2009 r. funkcję trenera objął Michel Der Zakarian, który zajmował z drużyną kolejno 6., 7. i 5. miejsce w Ligue 2. 7 maja 2014 po raz pierwszy w historii francuskiego futbolu obowiązki szkoleniowe męskiego zespołu zawodowego przejęła kobieta – Portugalka Helena Costa, prowadząca wcześniej kobiece reprezentacje Kataru oraz IranuFrench club Clermont Foot makes history with Helena Costa coaching appointment - cnn.com. Po półtora miesiąca pracy (24 czerwca 2014) podała się jednak do dymisjiHelena Costa: Female coach says Clermont are to blame for her exit - BBC Sport, a 28 czerwca 2014 jej następczynią również została kobieta – była reprezentantka Francji Corinne Diacre. 1 września 2017 zastąpił ją Pascal Gastien, zaś 13 marca 2019 – po prawie 14 latach rządów Claude’a Michy’ego - funkcję prezesa klubu objął Szwajcar Ahmet Schaefer. W sezonie 2020/21, po zajęciu 2. miejsca w Ligue 2, drużyna uzyskała po raz pierwszy awans do Ligue 1, a w swoim debiutanckim meczu na tym szczeblu, rozegranym 8 sierpnia 2021 na Stade Matmut-Atlantique w Bordeaux, pokonała miejscowe Girondins 2:0.