18 września z powodu nieotrzymania odpowiedniego prochu 2 bateria nie mogła udzielić właściwego wsparcia artyleryjskiego wszystkim odcinkom w sektorze południowo-wschodnim. Tego też dnia 1 bateria została ostrzelana celnym ogniem artylerii niemieckiej, a następne zbombardowana przez bombowce nurkujące, w wyniku czego utraciła jako zniszczone wszystkie armaty, zostało rannych kilku kanonierów. 19 września otrzymała w zamian 2 haubice 155 mm wz. 1917, zmieniono stanowiska na nowe przy Wybrzeżu Gdańskim. W następnych dniach baterie 1 i 3 prowadziły ostrzał w kierunku Tarchomina i Radzymina. 25 września artyleria niemiecka zniszczyła punkty obserwacyjne 1 i 2 baterii, poległ por. Plewa-Plewiński. Baterie prowadziły ogień przez cały okres walk w Warszawie, wystrzeliwując ostatnie pociski 27 września rano. Jakie i ile dział miał posiadać 46 dac po 16-18 września są sprzeczne wymienia się w/w haubice 100 mm wz. 14/19, 155 mm wz. 17 oraz armaty 75 mm wz.1897 i nadal 120 mm wz.78/09/31. Wieczorem 27 września 46 dac przemaszerował do Cytadeli, gdzie uszkodzono posiadane działa i broń strzelecką, rozdano żywność. W następnych dniach dywizjon poszedł do niewoli.