znajdował się w okolicach wysp Midway, kiedy to Japonia zaatakowała Pearl Harbor. Po zachodzie słońca 7 grudnia, "Argonaut" wynurzył się na powierzchnię, jego załoga słysząc huk ognia artyleryjskiego dochodzącego z wysp Midway zinterpretowała to jako japoński atak sił inwazyjnych. "Argonaut" zanurzył się i używając sonaru namierzył flotę inwazyjną. Był pierwszym okrętem, który zbliżył się do japońskich okrętów wojennych.
Inwazyjną flotą okazały się być dwa japońskie niszczyciele, które ostrzeliwały brzeg Midway. Jeden z nich przepłynął bardzo blisko "Argonaut". Okręt nie został wykryty, jednak zanim mógł zrobić drugie podejście, niszczyciele dokończyły ostrzał.
Tydzień później, "Argonaut" nawiązał kontakt wzrokowy z trzema albo czterema japońskimi niszczycielami, jednak nie zdecydował się zaatakować. 22 stycznia 1942, wrócił do Pearl Harbor i po krótkim postoju popłynął do stoczni Mare Island Naval Shipyard w celu przeróbki na podwodny okręt transportowy. Po adaptacji mógł zabrać na pokład 120 żołnierzy z lekkim uzbrojeniem, wyposażono go też w radar SJ.