Następnie w okresie od 26 listopada 1998 do 16 lipca 1999 zajmował stanowisko ministra finansów.
Po wyborach parlamentarnych w 2006 Ivars Godmanis objął 7 listopada tego samego roku stanowisko ministra spraw wewnętrznych w rządzie Aigarsa Kalvītisa. Zajmował je do 20 grudnia 2007. Został przewodniczącym Łotewskiej Drogi (2004–2007) i współprzewodniczącym federacji LPP/LC (2007–2009).
Po dymisji urzędującego premiera, Ivars Godmanis 14 grudnia 2007 został desygnowany przez prezydenta Valdisa Zatlersa na nowego szefa rządu. 20 grudnia tego samego roku Sejm zaakceptował gabinet pod jego kierownictwem stosunkiem głosów 54 do 43. 15 ministrów spośród wszystkich 19 zajmowało swoje stanowiska w poprzednim rządzie.
Jesienią 2008 gabinet Ivarsa Godmanisa stanął w obliczu kryzysu ekonomicznego, skutkującego spadkiem PKB (o 4,3% w III kwartale 2008 i o 10,4% w IV kwartale tego samego roku), wzrostem bezrobocia i inflacji. Rząd przejął drugi co do wielkości bank (Parex Bank), zaciągnął pożyczkę od MFW i UE w wysokości kilku mld USD. Zapowiedział również szereg cięć budżetowych i podwyżkę podatków, co doprowadziło do masowych demonstracji w Rydze w styczniu 2009.