Jako jeden z pierwszych zwrócił uwagę na dawne zlodowacenie Tatr i prowadził badania w tym kierunkuSzaflarski Józef: Poznanie Tatr. Szkice z rozwoju wiedzy o Tatrach do połowy XIX wieku, Warszawa 1972. Zajmował się również hipsometrią, klimatem i hydrografią Tatr, tatrzańskim nazewnictwem i kulturą górali tatrzańskich.
Eksplorował również Pasmo Babiogórskie. Na szczycie Babiej Góry stanął 31 sierpnia 1830 r., jako pierwszy zapisując jego nazwę w formie Diabła KuchniaOmylak Józef: Z dziejów poznania i ochrony, w: "Światy Babiej Góry", wyd. Babiogórski Park Narodowy i Wydawnictwo "Grafikon", Zawoja 2002, s. 153. W 1849 r. jako jeden z pierwszych polskich naukowców odbył i opisał podróż do źródeł Wisły i na Baranią Górę. W latach 50 i 60. XIX w. wykonał 9 arkuszy mapy geologicznej Gór Świętokrzyskich. W sumie był autorem 146 prac naukowych i szeregu mniejszych publikacji. Prowadził też badania paleontologiczne m.in. nad jurajskimi ślimakami z wapieni w Inwałdzie.