Stało się to tuż przed uroczystymi obchodami stulecia istnienia klubu do jakich doszło w budynku Belfast City Hall.
Końcówka drugiego tysiąclecia nie była dla klubu Crusaders łatwa, głównie z powodu niedostatku finansów. Dwóch kolejnych trenerów, Aaron Callaghan i Martin Murray, zrezygnowało po zaledwie rocznym pobycie.
Po 2000 roku W lipcu 2000 roku pieczę nad zespołem Crusaders objął były piłkarz Gary McCartney. Choć klub zachował status pierwszoligowy po zwycięskim barażu z Lisburn Distillery w maju 2001 roku, McCartney zrezygnował z posady, gdyż klub przeznaczył zbyt małe środki finansowe do jego dyspozycji.
Kolejnym trenerem został w końcu czerwca 2002 roku Alan Dornan. Pomimo niedoświadczonego zespołu, w którego składzie często grało sześciu lub siedmiu nastolatków, nowy trener zdołał utrzymać klub w pierwszej lidze. W sezonie 2003/04 The Crues zajęli środkowe miejsce w tabeli, co było drugą najlepszą dotychczasową pozycją klubu w nowym tysiącleciu (najlepszy był sezon 2006/07, kiedy klub zajął 6. miejsce).