Zaburzenia afektywne dwubiegunowe W leczeniu fazy maniakalnej w przebiegu zaburzeń afektywnych dwubiegunowych kwetiapina jest porównywalnie skuteczna lub nieco słabsza w porównaniu do litu, kwasu walproinowego, jak i innych neuroleptyków. W leczeniu fazy depresyjnej, jako jedyny oprócz olanzapiny neuroleptyk, kwetiapina wykazuje skuteczność kliniczną, przy czym nie wiąże się to ze wzrostem ryzyka indukcji manii. W profilaktyce kwetiapina zmniejsza ryzyko nawrotu epizodów manii i depresji, przy czym skuteczniejsze jest w tym celu stosowanie kwetiapiny w formie terapii łączonej (politerapii) wraz z lekami stabilizującymi nastrój.
Depresja Kwetiapina znajduje zastosowanie w leczeniu depresji jednobiegunowej jako lek dodatkowy tj. dołączany do terapii lekiem przeciwdepresyjnym. Ze względu na jej sedacyjne działanie, dołączenie jej może być korzystne zwłaszcza w stanach depresyjnych przebiegających z lękiem lub pobudzeniem.