Systematyka Gatunek został opisany w 1771 roku przez P.S. Pallasa jako Mus agrarius. Miejsce typowe to Uljanowsk nad Wołgą w Rosji. Myszarka polna i myszarka chińska (Apodemus chevrieri) to gatunki siostrzane, należące do szerszego kladu obejmującego także myszarkę smoczą (Apodemus draco), wielkouchą (A. latronum), koreańską (A. peninsulae), tajwańską (A. semotus) i japońską (A. speciosus). Małe zróżnicowanie genetyczne populacji europejskich wskazuje, że te gryzonie stosunkowo niedawno zasiedliły ten region. Najstarsze europejskie skamieniałości myszarki polnej pochodzą z 5500 r. p.n.e.
Występowanie Myszarka polna ma bardzo szeroki zasięg występowania, chociaż podzielony na dwie osobne części: palearktyczną i orientalną. Część palearktyczna rozciąga się od Niemiec i Danii przez Polskę, europejską część Rosji i południe Syberii aż po okolice jeziora Bajkał; na północnym zachodzie obszar ten sięga południowej Finlandii, na południowym zachodzie sięga po północne Włochy, a na południowym wschodzie rozciąga się po Kirgistan i Sinciang w Chinach.