Systematyka była sporna na przestrzeni lat. Blake (1968) zasugerował, że wilgowrony cienkodziobe to lokalna odmiana wilgowronów meksykańskich (Q. mexicanus), zaś Selander & Giller (1961) rozważali potencjalny związek z wilgowronami jeziorowymi (Q. nicaraguensis) – o przedstawicielach obydwu gatunków było bowiem wiadomo, że gniazdują na bagnach. W 2008 przeprowadzono badania nad filogenetyką ptaków z rodzaju Quiscalus, uwzględniały one także omawiany wymarły gatunek i wilgowrony jeziorowe, również znane z mocno ograniczonego zasięgu. W przypadku Q. palustris materiał zawierający DNA pobrano z podeszwy stopy okazu zabitego w 1904. Okazało się, że Q. palustris jest grupą siostrzaną wobec kladu obejmującego wilgowrony meksykańskie ze swoich zachodnich części zasięgu. Prawdopodobnie oddzielił się od ich linii rozwojowej około 1,2 miliona lat temu. Wilgowrony meksykańskie w interiorze Meksyku, jednak rozpanoszyły się po tym kraju w XX wieku; wcześniej wilgowrony meksykańskie i cienkodziobe były w większości allopatryczne.