Pod koniec 1946 WKS Zawisza, w ślad za Dowództwem Okręgu został przeniesiony do Bydgoszczy. Pierwszym prezesem na ziemi bydgoskiej został wybrany ppłk Stanisław Żwirski. Jedną z pierwszych decyzji nowego zarządu było zgłoszenie drużyny piłki nożnej do Pomorskiego Okręgowego Związku Piłki Nożnej. W pierwszym, historycznym meczu o punkty Zawisza rozgromił 6 kwietnia 1946 na Stadionie Miejskim rezerwę A-klasowej Gwiazdy Bydgoszcz 8:2. Pierwszy sezon w klasie B niebiesko-czarni zakończyli na trzecim miejscu, a w lipcu 1948 wywalczyli awans do klasy A. Jednak do 1951 roku sekcje klubu działały głównie w strukturach sportu wojskowegoEncyklopedia Bydgoszczy. t.1. praca zbiorowa pod red. Włodzimierza Jastrzębskiego. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2011. , str. 274.
W wyniku represji stalinowskich w latach 1948-1955 prezes klubu ppłk Stanisław Żwirski otrzymał wyrok więzienia, anulowany w 1957. Do 1949 zdecydowaną większość członków zarządu Zawiszy usunięto. Po 1949 przy Dowództwach Okręgów utworzono Okręgowe Wojskowe Kluby Sportowe (OWKS), które były filiami Centralnego Wojskowego Klubu Sportowego (CWKS) w Warszawie, który mógł dowolnie dysponować wszystkimi sportowcami odbywającymi służbę wojskową. Niebiesko-czarne barwy zastąpiono przez resortowe zielono-biało-czerwone.