11 czerwca 1999 (piątek) 7:30 – prywatna msza w Nuncjaturze Apostolskiej w Warszawie 9:30 – spotkanie z prezydentem RP Aleksandrem Kwaśniewskim 10:20 – wizyta w Sejmie 12:00 – nawiedzenie świątyni oo. Bazylianów 12:45 – spotkanie z Episkopatem Polski, przemówienie papieża 17:10 – modlitwa za ofiary Holocaustu przed Pomnikiem Umschlagplatz 17:30 – modlitwa przy Pomniku Poległym i Pomordowanym na Wschodzie 18:00 – zakończenie II Synodu Plenarnego w archikatedrze św. Jana Chrzciciela na Starym Mieście 19:30 – poświęcenie nowej Biblioteki Uniwersyteckiej 19:50 – powrót do nuncjatury
12 czerwca 1999 (sobota) 8:30 – odlot do Sandomierza (lądowisko w Tarnobrzegu) 9:30 – przylot do Tarnobrzega, przejazd do Sandomierza 10:30 – msza z homilią 16:30 – odlot do Zamościa 17:10 – przylot do miasta 17:50 – liturgia słowa z homilią papieża 19:40 – odlot do Warszawy 21:00 – przylot do stolicy, przejazd do nuncjatury
13 czerwca 1999 (niedziela) 10:00 – msza z homilią na pl. marszałka Józefa Piłsudskiego z homilią, beatyfikacja 108.