Klasztor zachował obowiązek udzielania stacjiTadeusz Brzeczkowski, Podatki zwyczajne w Polsce w XV wieku, w: Acta Universitatis Nicolai. Copernici, Historia XVIII — Nauki Humanistyczne”, z. 128, Toruń 1982, s. 58.. Pod koniec średniowiecza, w roku 1447, opatem został Mikołaj Odrowąż z Rembieszyc. Wytyczył on plan gruntownej przebudowy klasztoru oraz modernizacji kościoła klasztornego. W 1475 r. przebudował klasztor z krużgankami, wprowadził gotyk do romańskiego kościoła, zbudował odrębny budynek opatówki z hospicjum. Do prac artystycznych w opactwie zapraszał mistrzów. Pracowali tu Wit Stwosz i krakowscy złotnicy: Mikołaj Kregler i Mikołaj Breimer. W miejsce zniszczonego XII-wiecznego kościółka parafialnego zbudował w 1479 nowy, gotycki kościół (dziś św. Trójcy). Centralnymi budowlami powstających opactw były bazylika bezwieżowa na planie krzyża łacińskiego i klasztor skupiony wokół wirydarza. Pozostałe budynki spełniały rolę pomocniczą, głównie gospodarczą.left|250px|Kościół klasztorny cystersów w Jędrzejowie po spaleniu 27 września 1914 roku
Mocą zawartego ze Stolicą Apostolską konkordatu wschowskiego w 1737 roku, królowie Polski mieli prawo mianować tutaj opatów komendatoryjnychHistoria Kościoła w Polsce, t. 1, cz. 2, Poznań-Warszawa 1974, s. 431..