W roku 1996 zakończono rozbudowę stacji przyłączeniem modułu Priroda.
Ostatnie lata thumb|Mir widziany z wahadłowca Atlantis 20 listopada 1998 roku wystartowała Zarja – pierwszy moduł Międzynarodowej Stacji Kosmicznej. W jej budowę zaangażowana została również Rosja, co spowodowało, iż budżet agencji nie był wystarczający do utrzymania dwóch stacji kosmicznych jednocześnie. Również zagraniczni partnerzy nie mieli odpowiedniej ilości funduszy, aby utrzymywać Mira dalej na orbicie. W 1999 roku w Holandii powstało MirCorp – przedsiębiorstwo, które chciało – dzięki prywatnym funduszom – utrzymać stację Mir na orbicie i wykorzystać ją do celów komercyjnych (turystyka kosmiczna).
W dniach 23–28 lipca 1999 roku na pokładzie stacji funkcjonował rosyjsko-gruziński eksperyment radiotechniczy Reflektor, w formie 6,5 metrowej anteny reflektorowej zamocowanej do masztu-kratownicy Sofora.