Po powrocie załogi na Ziemię 16 lipca 1986 Mir pozostał niezamieszkany przez okres pół roku.
1987 – 1989 Wraz ze startem Sojuza TM-2 z Jurijem Romanienką i Aleksandrem Ławiejkinem na pokładzie 5 lutego 1987 roku rozpoczęty został okres nieprzerwanej pracy załóg na pokładzie stacji, który trwał do kwietnia 1989 roku (do zakończenia misji Sojuz TM-7). W tym czasie stację odwiedzili pierwsi nieradzieccy kosmonauci: Syryjczyk Muhammed Achmed Faris, Abdul Ahad z Afganistanu oraz Francuz Jean-Loup Chrétien. Na stacji znalazło się wtedy w sumie sześć misji, a moduł Kwant został przyłączony do stacji.
1989 – 1991 Z 4-miesięczną przerwą – spowodowaną problemami technicznymi statków Sojuz – rozpoczęto ponowne loty do stacji. Sojuz TM-8 wystartował we wrześniu 1989 roku rozpoczynając tym samym drugą fazę eksploatacji, trwającą do sierpnia 1999 roku. W tym czasie stacja pozostawała cały czas zamieszkana i przeprowadzano dalszą jej rozbudowę. Wykonano również 22 loty statków Sojuz i 9 lotów amerykańskich wahadłowców.
W roku 1990 na stację poleciał japoński dziennikarz Toyohiro Akiyama, a rok później austriacki astronauta Franz Viehböck.