Lotniska Głównym lotniskiem Sztokholmu jest Arlanda, położona ok. 40 km na północ od Sztokholmu. Z lotniska Arlanda do centrum miasta można dostać się: pociągiem (super-szybki ekspres Arlanda Express, ok. 20 minut), autobusem Flygbussarna lub taksówką (40 min). Poza tym Sztokholm posiada lotnisko Bromma w centrum, obsługujące samoloty m.in. Malmö Aviation i innych lokalnych przewoźników, ruch czarterowy, jak i prywatne awionetki. Bromma jest też bazą dwóch aeroklubów. Blisko Sztokholmu (ok. 100 km na południe) znajduje się lotnisko Skavsta, na które można się dostać samolotami linii Wizz Air oraz Ryanair z kilku miast polskich. Natomiast na północ od Sztokholmu położone jest lotnisko Västerås, które także obsługiwane jest przez tanie linie lotnicze. Również na północ, ok. 30 km w kierunku Uppsali, mieści się lotnisko Gryttjom, gdzie wykonuje się m.in. skoki spadochronowe.
Promy Sztokholm poprzez terminal promowy ma bezpośrednie połączenia promowe z Tallinnem, Rygą, Helsinkami, Turku oraz Mariehamn na Wyspach Alandzkich. Poprzez położony 60 km dalej na południu terminal w Nynäshamn posiada połączenia promowe z Gdańskiem.