Męska drużyna piłkarska w sezonie 2002/2003 spadła do Regionalligi, która wówczas była 3. poziomem rozgrywek ligowych w Niemczech i do 2. Bundesligi awansowała dopiero w sezonie 2006/2007, a w sezonie 2009/2010 awansowała do Bundesligi, jednak w sezonie 2010/2011 zajęła ostatnie – 18. miejsce. Oznaczało to spadek do 2. Bundesligi, w której grał do sezonu 2023/2024, po którym powrócił do elity. Odwiecznymi rywalami klubu są: Hamburger SV (ich mecze nazywane są tzw. Hamburger Stadtderby lub po prostu Derby) oraz Hansa Rostock.
Chociaż nie odnieśli wielkich sukcesów sportowych, klub jest powszechnie rozpoznawany ze względu na swoją charakterystyczną kulturę społeczną i cieszy się dużą popularnością jako jeden z krajowych klubów „Kult”, który obecnie rozwinął się poza NiemcyClub Profile : St Pauli . Zwolennicy FC St. Pauli są silnie utożsamiani z ich poparciem dla lewicowej polityki.