W dniu 30 czerwca 1948 roku Be’eri oskarżył o zdradę i postawił przed sądem oficera armii izraelskiej, kapitana Meira Tobianskiego, którego rozkazał rozstrzelać po uzyskaniu wyroku skazującego. Tego samego dnia podwładni Be’eriego poddali torturom (bicie, polewanie wodą, wyrywanie zębów, przypiekanie ogniem, podawanie narkotyków) uwięzionego 14 maja Jehudę Amstera, asystenta arabskiego burmistrza Hajfy. W kilka tygodni później ludzie Be’eriego uprowadzili i rozstrzelali w trybie doraźnym podwójnego agenta izraelskiego, pracującego rzekomo dla Arabów. Śledztwo wszczęte w tej sprawie przez premiera, a zarazem ministra obrony, Dawida Ben Guriona, ujawniło opisany przypadek stosowania tortur. W grudniu 1948 roku sąd wojskowy uznał Be’eriego winnym zabójstwa M. Tobianskiego. Zdegradowano go do stopnia szeregowego, usunięto ze stanowiska szefa wywiadu wojskowego i wykluczono ze służby wojskowej. 19 lipca 1949 roku został aresztowany ponownie i oskarżony o egzekucję Tobianskiego. 15 października 1949 roku sąd orzekł jego winę, lecz zważywszy na