Udało się im dostać na statek, którym dotarli do Konstantynopola. Tam początkowo było im bardzo ciężko i dopomógł szczęśliwy przypadek, kiedy udało się im pozyskać sympatię sułtana, któremu spodobały się kompozycje Bortkiewicza zaprezentowane podczas koncertu na dworze sułtańskim przez tureckiego pianistę Ilena Ilegeya. Sympatia ta nabrała wymiaru materialnego przez zarekomendowanie Siergieja osobistościom Konstantynopola. Rekomendacja dała Siergiejowi możliwość udzielania lekcji muzyki córce ambasadora Belgii oraz córce i żonie ambasadora Jugosławii. Wykorzystując te kontakty, Siergiej Bortkiewicz wraz z małżonką wyjechali do Wiednia, gdzie – począwszy od 22 lipca 1922 – pozostali na stałe.
W 1926 uzyskał obywatelstwo austriackie. W Wiedniu był nauczycielem w tamtejszym konserwatorium. W siedemdziesiąta rocznicę urodzin kompozytora i muzyka w Wiedniu zostało powołane Towarzystwo Muzyczne jego imienia.
Zmarł w Wiedniu 25 października 1952 i został pochowany w grobie honorowym na Cmentarzu Centralnym. Wiele jego prac, szczególnie nie opublikowanych, zostało zniszczonych podczas II wojny światowej, tym niemniej zachowane dzieła świadczą niezbicie o wybitnym talencie muzycznym ich autora.