Dział „transport” obejmował sprawy: funkcjonowania oraz rozwoju transportu, w szczególności budowy, modernizacji, utrzymania i ochrony dróg publicznych, w tym autostrad, oraz kolei, lotnisk i portów lotniczych, ruchu drogowego i lotniczego, żeglugi śródlądowej, przewozu osób i rzeczy środkami transportu, transportu zbiorowego w miastach. Ponadto minister sprawował nadzór nad Agencją Budowy i Eksploatacji Autostrad oraz Głównym Inspektorem Kolejnictwa. Podlegał mu Generalny Dyrektor Dróg Publicznych oraz organy nadzoru nad lotnictwem cywilnym. Był również władzą żeglugową w rozumieniu odrębnych przepisówArt. 27 ustawy z dnia 4 września 1997 r. o działach administracji rządowej.
Dział „budownictwo, gospodarka przestrzenna i mieszkaniowa” obejmował sprawy: architektury, geodezji i kartografii, budownictwa, nadzoru architektoniczno-budowlanego, zagospodarowania przestrzennego, wspierania mieszkalnictwa, gospodarki nieruchomościami, polityki miejskiej, rządowych programów rozwoju infrastruktury komunalnej, ogródków działkowych. Ponadto minister sprawował nadzór nad Głównym Geodetą Kraju,