W latach 48–47 p.n.e. w wyniku interwencji Juliusza Cezara w wojnę dynastyczną pomiędzy Kleopatrą i jej bratem Ptolemeuszem XIII w Aleksandrii wybuchł pożar, który strawił część zbiorów. Antyczni autorzy, którzy relacjonowali te wydarzenia, podają sprzeczne informacje. Seneka (De tranquilitate 9,5) pisze o 40 000 utraconych ksiąg, Paweł Orozjusz (Oros., VI,15,31) – o 400 tysiącach, a Kasjusz Dion (XLII,38) informuje o pożarze w stoczni, magazynach z chlebem i księgami (prawdopodobnie z tymi, co były przeznaczone do transportu do Rzymu), ale nie wspomina o pożarze w bibliotece. Plutarch nadmienia, że wkrótce po tym Marek Antoniusz, chcąc zadowolić Kleopatrę, zrekompensował straty kosztem przewiezienia do Aleksandrii części zbiorów Biblioteki Pergamońskiej, w liczbie 200 tysięcy woluminów.