W 1832 r., po trzęsieniu ziemi fasadę odbudowano w stylu klasycystycznym zgodnie z projektem Polettiego, przebudowano ją kolejnych uszkodzeniach spowodowanych trzęsieniem z 1923 r. według projektu Cezarego Bazzani. Prace przeprowadzono w latach 1924–1930. Pod koniec prowadzonych prac umieszczono na szczycie fasady figurkę Matki Boskiej Anielskiej z pozłacanego brązu.
Kaplica śmierci św. Franciszka Za Porcjunkulą, po jej prawej stronie, we wnętrzu bazyliki pozostawiono jeden z kilku domków zbudowanych przez franciszkanów wokół kościółka Porcjunkuli. Jest to Kaplica śmierci św. Franciszka – Transito (Przejścia). Na jej zewnętrznej ścianie namalowany jest obraz przedstawiający jego śmierć.
Ściany wewnętrzne zdobią freski przedstawiające pierwszych jego uczniów, fresk pochodzi z początku XVI wieku, został namalowany przez Spagnę. Transito to dawniejsza infirmeria, w której św. Franciszek zmarł w dniu 3 października 1226 r. W ołtarzu umieszczona jest figura św. Franciszka wyrzeźbiona przez Andrea della Robba ok. 1490 r.