Kolejne wersje PCI Express zwykle mają dwa razy większą przepustowość od poprzednich, co widać w poniższej tabeli:
+ Przepustowość PCI Express Wersja Kodowanie Przepustowość Transfer Danych×1×161.0b / 1.18b/10b2,5 GT/s250 MB/s4000 MB/s2.0 / 2.18b/10b5 GT/s500 MB/s8000 MB/s3.0 / 3.1128b/130b8 GT/s984,6 MB/s15 753,6 MB/s4.0128b/130b16 GT/s1969 MB/s31 504 MB/s5.0128b/130b32 GT/s3938 MB/s63 008 MB/s6.0242B/256B PAM-4 FLIT64 GT/s7746 MB/s123 904 MB/s
Thunderbolt 23 września 2009 Intel zaprezentował Thunderbolt, będący zintegrowanym ze złączem DisplayPort interfejsem PCIe x4. Pierwsze komputery z tą technologią pojawiły się w sprzedaży na początku 2011 roku. Wersje 1 i 2 korzystają z fizycznego złącza miniDP, wersja 3 i 4 korzystają z fizycznego złącza USB-C.
WersjaPCIePrzepustowośćThunderbolt 1x4 2.010 Gbit/s (1,25 GB/s)Thunderbolt 2x4 2.016 Gbit/s (2 GB/s)Thunderbolt 3x4 3.022 Gbit/s (2,75 GB/s)Thunderbolt 440 Gbit/s (5 GB/s)