Po 17 września 1939 został wikariuszem przy dziekanie Poczobucie-Odlanickim, sprawował dozór nad parafią Puzicze koło Baranowicz. Po 1941 zagrożony aresztowaniem ze strony Niemców przystąpił do oddziału partyzantów radzieckich płk. Wasiliewa. Po utworzeniu w ZSRR 1 Dywizji Piechoty im. Generała Tadeusza Kościuszki został jej kapelanem, później płk dypl. Zygmunt Berling mianował go majorem. Otrzymał uprawnienia delegata apostolskiego na terytorium ZSRR. Po sformowaniu 1 Korpusu został jego dziekanem. Redagował katolicki dodatek do pisma „Żołnierz Wolności” pod nazwą „Bóg i Ojczyzna”. Po przejściu frontu wschodniego pod koniec 1943, w Katyniu 30 stycznia 1944 podczas uroczystości żałobnych upamiętniających ofiary zbrodni katyńskiej, w których uczestniczyli żołnierze 1 Korpusu PSZ w ZSRR, w wygłoszonym kazaniu potwierdził sprawstwo Niemców pomordowania polskich oficerów, tym samym artykułując tzw. „kłamstwo katyńskie”.
W 1944 został dziekanem Armii Polskiej w ZSRR. Brał udział w walkach na terytorium Polski, w styczniu 1945 został zwolniony ze służby w wyniku konfliktu z generałem Rolą-Żymierskim oraz pozbawiony odznaczeń. Urzędował w kościele garnizonowym w Lublinie, podobnie jak jego następca ks. płk Stanisław Warchałowski (obecnie parafia cywilno-wojskowa pw.