Od dnia 5 maja 1917 pełnił obowiązku dowódcy 29 Korpusu Armijnego.
Po rewolucji październikowej organizował i dowodził w latach 1917–1918 III Korpusem Polskim na Ukrainie. Po rozbrojeniu III Korpusu przez Austriaków był naczelnym inspektorem Wojska Polskiego na Ukrainie.
Służba w Wojsku Polskim Z dniem 18 stycznia 1919 został przyjęty do Wojska Polskiego, z zatwierdzeniem posiadanego stopnia generała porucznika ze starszeństwem z dniem 2 kwietnia 1915, i przydzielony do Ministerstwa Spraw Wojskowych. 6 marca 1919 został mianowany przewodniczącym Rady Wojskowej. Sprawował tę funkcję do sierpnia 1920. Latem 1919 Józef Piłsudski zaproponował mu funkcję szefa misji wojskowej przy admirale Kołczaku na Syberii, lecz de Henning-Michaelis propozycji nie przyjął. 21 kwietnia 1920 został zatwierdzony z dniem 1 kwietnia owego roku w stopniu generała porucznika. W lipcu i sierpniu 1920 kierował Komitetem Fortyfikacyjnym w obronie Warszawy przed bolszewikami. Od sierpnia 1920 do sierpnia 1921 był wiceministrem spraw wojskowych, a następnie – do maja 1922 – szefem Administracji Armii. W 1922 zweryfikowano go w stopniu generała dywizji ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919 w korpusie generałów.