Jednak pod wpływem nacisków ze strony OBWE, USA i Rosji oraz zapowiedzi rządu tymczasowego o rozpoczęciu akcji policyjnej skierowanej przeciw niemu, 15 kwietnia 2010 odleciał do sąsiedniego Kazachstanu. Tego samego dnia przesłał do kazachskiej ambasady w Biszkeku oficjalne pismo informujące o rezygnacji ze stanowiska szefa państwa.
19 maja 2010 rząd tymczasowy w wydanym dekrecie ogłosił Rozę Otunbajewę pełnoprawnym prezydentem Kirgistanu i przedłużył jej mandat do końca 2011. Decyzja ta miała zostać potwierdzona przez obywateli w referendum konstytucyjnym 27 czerwca 2010. W referendum tym ponad 90% głosujących zatwierdziło projekt nowej konstytucji, ograniczającej uprawnienia prezydenta i wprowadzającej parlamentarny system rządów oraz poparło wydłużenie mandatu Otunbajewy. 3 lipca 2010 została uroczyście zaprzysiężona na stanowisku prezydenta Kirgistanu. Zgodnie z prawem nie mogła ubiegać się ponownie o ten urząd w wyborach prezydenckich planowanych przed końcem 2011.
Wybory prezydenckie przeprowadzone zostały 30 października 2011. Zwyciężył w nich premier Ałmazbek Atambajew, który został zaprzysiężony na stanowisku 1 grudnia 2011.