W XVI wieku wieś należała częściowo do Górków, a także do spadkobierców Szamotulskich: Broniewskich i Rokossowskich. W 1568 wnuk Katarzyny wojewoda poznański Łukasz Górka sprzedał z zastrzeżeniem prawa odkupu Mikołajowi Borkowi Gostyńskiemu połowę dóbr Szamotuły, w tym m.in. połowę Pęckowa za 16000 złotych.
Wieś Pęckowo nie figuruje w rejestrach poborowych z XVI wieku. W 1577 odnotowana została łąka pęckowska. W latach 1579, 1600, 1602, 1615 wieś notowana jako opuszczona. Pusta wieś Pęckowo, do połowy XVIII wieku wymieniana była zawsze łącznie z wsią Gaj Mały. Na jej miejscu w drugiej połowie XVIII wieku powstał folwark należący do wsi Kobylniki koło Szamotuł. Dzisiejsza wieś Pęckowo prawdobnie stanowi kontynuację tego folwarku. Nie ma jednak pewności, czy dokładnie w tym samym miejscu leżała wieś średniowieczna.
Wskutek II rozbioru Polski w 1793, miejscowość przeszła pod władanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim.
W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa poznańskiego.
Wieś położona przy linii kolejowej nr 351.