Statut ministerstwa nadawany był w trybie rozporządzenia Prezesa Rady Ministrów, a od początku 2002 w trybie zarządzenia Prezesa Rady Ministrów. Struktura organizacyjna MSWiA była zmieniana wielokrotnie na podstawie następujących dokumentów: rozporządzeń z 5 listopada 1999 z późn. zm. i z 12 grudnia 2000 z późn. zm. oraz zarządzeń z 26 czerwca 2002 z późn. zm., z 1 kwietnia 2004 z późn. zm., z 8 listopada 2005., z 23 stycznia 2006 z późn. zm., z 14 marca 2007 z późn. zm. i z 25 marca 2008 z późn. zm..
Zlikwidowanie Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji nastąpiło na mocy rozporządzenia Rady Ministrów z 21 listopada 2011 (obowiązującego od 18 listopada 2011).. Zgodnie z kolejnymi rozporządzeniami wydanymi tego dnia komórki i pracowników obsługujących działy administracja publiczna, informatyzacja i wyznania religijne oraz mniejszości narodowe i etniczne przekazano do nowo utworzonego Ministerstwa Administracji i Cyfryzacji., natomiast komórki i pracowników obsługujących dział sprawy wewnętrzne przekazano do nowo utworzonego Ministerstwa Spraw Wewnętrznych..