Kiedy liczba wiernych przekroczyła 40 tys., podjęto decyzję o budowie kolejnych kościołów. W latach 1896–1897 wybudowano neogotycki kościół Chrystusa (dziś kościół Zbawiciela) przy placu Zbawiciela, użytkowany do dziś przez parafię ewangelicką. Trzy lata później rozpoczęto budowę kościoła na placu Kościeleckich, ukończoną w 1903 roku. Do wybuchu I wojny światowej w mieście powstały jeszcze kościoły na Szwederowie, w Czyżkówku, Małych Bartodziejach, na Wilczaku, w Łęgnowie. Łącznie w granicach miasta znalazło się osiem kościołów ewangelickich. II wojnę światową przetrwało tylko sześć z nich, z czego pięć odebrano ewangelikom, pozostawiając im jedynie kościół Zbawiciela.
W 1834 roku powstał także zbór ewangelicko-luterski (staroluterański), który nie akceptował unii pruskiej z 1817 roku. W 1846 roku jego członkowie wybudowali swój kościół przy ulicy Poznańskiej.
W mieście działało wiele ewangelickich szkół, przedszkoli, szpitali, domów dziecka i organizacji charytatywnych służących pomocą mieszkańcom miasta.
Bydgoszcz w czasach zaborów byłą największym ośrodkiem Kościoła Ewangelickiego na terenie Pomorza, Wielkopolski i Kujaw.