Osiągnięcia parafii zostały przekreślone przez wybuch II wojny światowej. Działalność parafii została zakazana, a majątek rozkradziony. Księdza Waldemara Preissa aresztowano 5 września 1939 roku – całą wojnę spędził w obozach koncentracyjnych. Życie stracili inni duszpasterze związani z bydgoską parafią: ks. Józef Mamica w obozie koncentracyjnym Mauthausen-Gusen w 1940 roku, ks. senior Gustaw Manitius w poznańskim Forcie VII w 1940 roku, ks. Jerzy Kahané w Pirnie w roku 1941.
Pierwsze powojenne nabożeństwo zostało odprawione w czerwcu roku 1945 przez ks. Ryszarda Trenklera z Torunia. W tym samym roku odzyskano kościół Chrystusa, 9 grudnia rekonsekrowany jako kościół Zbawiciela. W 1947 roku przed kościołem ustawiono figurę Chrystusa, a otaczający kościół plac nazwano placem Zbawiciela. W kościele stanęła także tablica upamiętniająca polskich księży ewangelickich zamordowanych w czasie II wojny światowej. W trudnej powojennej rzeczywistości ks. proboszcz Waldemar Preiss został delegowany do Wrocławia jako wysłannik Konsystorza, w celu organizowania na nowo życia kościelnego. W parafii zastępowali księdza wikariusze. Ks. Waldemar Preiss zmarł 11 grudnia 1973 roku.