W 1998 został wybrany na przewodniczącego zarządu Regionu Gdańskiego. We wrześniu 2002 zastąpił na stanowisku przewodniczącego Komisji Krajowej NSZZ „S” Mariana Krzaklewskiego, który ustąpił po porażce wyborczej Akcji Wyborczej Solidarność Prawicy w wyborach parlamentarnych w 2001. We wrześniu 2006 Janusz Śniadek uzyskał reelekcję na zajmowane stanowisko. W październiku 2010 przegrał wybory na kolejną kadencję z dotychczasowym szefem śląsko-dąbrowskiej „Solidarności” Piotrem Dudą.
W okresie pełnienia przez niego tej funkcji związek oficjalnie wspierał Lecha i Jarosława Kaczyńskich w wyborach prezydenckich w 2005 i 2010.
W 2010 prezydent RP Lech Kaczyński powołał go na członka Narodowej Rady Rozwoju.
W wyborach parlamentarnych w 2011 z listy Prawa i Sprawiedliwości został wybrany na posła VII kadencji w okręgu gdyńskim, otrzymując 26 440 głosów. W 2015 z powodzeniem ubiegał się o poselską reelekcję (dostał 26 671 głosów). W wyborach w 2019 ponownie został wybrany do Sejmu, otrzymując 9342 głosy. W 2021 powołany przez premiera Mateusza Morawieckiego w skład Rady Doradców Politycznych. Nie kandydował w kolejnych wyborach w 2023.