Ponownie został aresztowany w sierpniu 2008 pod zarzutem pomocnictwa w uzyskaniu fałszywych dokumentów, które miały mu ułatwić opuszczenie kraju. 20 lutego 2009 opuścił areszt w Mysłowicach, po wpłaceniu kaucji w wysokości 850 tys. dolarów. 18 września 2012 Europejski Trybunał Praw Człowieka zasądził na rzecz Dochnala 12,1 tys. euro odszkodowania za długotrwały areszt, brak możliwości spotkań z rodziną i bezprawny brak dostępu do akt toczących się wobec niego śledztwWyrok ze strony Europejskiego Trybunału Praw Człowieka Dochnal przeciwko Polsce..
W programie telewizji TVN Teraz my! Marek Dochnal twierdził, że dziennikarka Wprost, Dorota Kania, pożyczyła 245 tysięcy złotych od jego teściowej, a w zamian za to Kania miała umożliwić Dochnalowi kontakty z politykami PiS w sprawie rzekomej pożyczki zaciągniętej u jego rodziny przez Kanię. W odpowiedzi dziennikarka zaprzeczyła tym informacjom i złożyła w sądzie pozew przeciwko Dochnalowi. W tej sprawie oświadczenie wydała Rada Etyki Mediów, zalecając powstrzymanie się od ferowania wyroków medialnych. W kwietniu 2009 proces został zawieszony. W 2019 r. zapadł prawomocny wyrok potwierdzający słowa Dochnala.