Przez następne 13 lat pracował jako docent w Berlinie.

Mocno identyfikował się ze swoją neokantowską szkołą marburską. Świadczy o tym nie tylko postawa w Davos w 1929, lecz stanowisko zajęte przez niego znacznie wcześniej, w 1906 r.: gdy Leonard Nelson ostro skrytykował Hermanna Cohena, to Cassirer stanął w obronie swego mistrza i podjął polemikę w pracy Der kritische Idealismus und die Philosophie des „gesunden Menschenverstandes”. Ostra wymiana zdań między Cassirerem a Nelsonem dotyczyła sposobu rozumienia metody krytycznej.

W 1919 został powołany na katedrę filozofii na nowo utworzonym Uniwersytecie Hamburskim, gdzie pozostał do 1933. W tym czasie opublikował swoje główne dzieło Philosophie der symbolischen Formen (Filozofia form symbolicznych), w którym – nawiązując do idei kantowskich – podjął próbę ugruntowania wielorakości sposobów ujmowania świata przez człowieka (takich jak mit, nauka, język itd.) przy pomocy symboli na podstawie teorii znaczenia form rzeczywistości. Jednocześnie w hamburskiej Bibliotece Warburga ściśle współpracował z jej powszechnie znanym założycielem, Abym Warburgiem. Tutaj powstały niektóre prace, szczególnie poświęcone renesansowi. W 1929 Cassirer został pierwszym na niemieckim uniwersytecie rektorem pochodzenia żydowskiego.