.. Następnie, w 1571 roku przeprowadzono remont obiektu. Ściany zewnętrzne dla wzmocnienia zostały podparte skarpami, wstawiono nowe obramienia okienne, wnętrza udekorowano malowidłami, urządzono kuchnię i wzniesiono nową łazienkę. Następna przebudowa miała miejsce dopiero w 1775 roku i objęła galerie od strony dziedzińca oraz wymianę dachu. Możliwe, że była związana z likwidacją zniszczeń po walkach w trakcie konfederacji barskiej; ; ; ; ..
Po III rozbiorze Polski i włączeniu Krakowa do Austrii na mocy dekretu cesarskiego z 1797 roku odebrano kapitule większość budynków przy Kanoniczej. W jej rękach zostało tylko osiem obiektów, wśród nich dom Długosza, który dalej służył celom mieszkalnym. W 1825 roku oddano go w administrację prokuratorii kapitulnej, jednak już w następnym roku wprowadził się do budynku kanonik Ludwik Łętowski. Ostatecznie w 1839 roku dom przeznaczono na siedzibę prokuratorii, która mieściła się w skrzydle wschodnim od Kanoniczej. Tam również mieszkali kolejni księża wiceprokuratorzy i notariusze kapitulni; ;