Trzykrotnie wstępował w związki małżeńskie i miał pięcioro dzieci, spośród których ojca przeżył jedynie syn. Mowę pogrzebową ku jego czci, zawierającą szereg szczegółów biograficznych, wygłosił i wydał drukiem Valentin Thilo (Młodszy). Simon Dach opublikował okolicznościową poezję.
W Polsce jego nazwisko występuje przede wszystkim jako Jan Stobeusz, ale również jako Jan Stobbe, Jan Stobaeus, Jan Stobeus, Jan Stoba. W Grudziądzu na Os. Kawalerii Polskiej znajduje się ulica jego imienia (ul. Jana Stobeusza).
Jan Stobeusz znał i używał trzech języków: polskiego, niemieckiego i łacińskiego. Również jego dzieła skomponowane zostały do tekstów łacińskich, niemieckich lub polskich. Przykładem dzieł z tekstem polskim polskich mogą być muzyczne opracowania niektórych psalmów w poetyckim przekładzie Jana Kochanowskiego. Psalm 128 z muzyką Stobeusza zawiera nawet autorską dedykację: Psalm Dawida Króla, Aktu weselnemu służący, Ku, Zacnie urodzonemu domowstwu Je’ Mści, Pana Gabriela Swiebody, Obywatela miasta Nieświża, oblubiencowi, y jej Mści Pannie, Halszce Mellerownie, corce sławney pamięci, Je’ Mści Pana, Heinrika, Kupaca sławnego y obywatela Wilenskiego, oblubienicy, Przy ofiarowaniu zyczlywości moiey, na pięć głosow złożony y do druku podany, Przez mię, Jana Stobaeusza z Grudziądza.