Gdy w czasie „potopu” Szwedzi zajęli w listopadzie 1655 roku należącą do Warszyckiego twierdzę bastionową w Pilicy i osadzili w nim załogę pod dowództwem Larsa Lindorna, Warszycki odzyskał zamek w lutym 1656 r. Potem również odpędził Szwedów spod Dankowa oraz wyparł załogę szwedzką z zamku w Krzepicach. Uczestniczył również w obronie oblężonej Jasnej Góry, dla której m.in. dostarczył 12 dział i stado bydła. Warszycki walczył ze Szwedami głównie w Księstwie Siewierskim. Wykorzystał to oberlejtnant i arianin Orzechowski, który zaatakował dobra Warszyckiego. Zaciężni żołdacy Orzechowskiego pokonali kasztelana, za co Warszycki pozwał Orzechowskiego przed trybunał, który skazał buntownika na karę śmierci. Orzechowski próbował wpłynąć na decyzję trybunału poprzez uruchomienie swoich wpływów u króla i królowej. Warszycki chciał odstąpić od domagania się wykonania wyroku tylko wówczas, gdy Orzechowski wyrzeknie się arianizmu. Skazany nie zgodził się jednak na tę propozycję, i został rozstrzelany na zamku.
Stanisław Warszycki na zamku w Dankowie gościł m.in. króla Jana Kazimierza, królową Marię Ludwikę, Stefana Czarnieckiego i senatorów.