Po II wojnie światowej opiekę nad zgromadzonymi w Olsztynku budynkami sprawował Wojewódzki Konserwator Zabytków w Olsztynie. Pod koniec lat 50. XX wieku dr Franciszek Klonowski rozpoczął uzupełniać kolekcję o nowe obiekty architektury wiejskiej. 1 września 1961 utworzono Park Etnograficzny, funkcjonujący jako Oddział Muzeum Mazurskiego w Olsztynie. Jego pierwszym dyrektorem był dr Józef Wieczerzak. Już 1 stycznia 1969 roku skansen zaczął funkcjonować jako samodzielna i autonomiczna jednostka pod nazwą „Muzeum Budownictwa Ludowego – Park Etnograficzny w Olsztynku”. W 1974 r. Muzeum przejęło fragment gotyckiej zabudowy miasta Olsztynek: ruinę kościoła (XIV/XVII w.) oraz basztę murów obronnych miasta, które wyremontowało i adaptowało do funkcji Salonu Wystawowego i Domu Mrongowiusza.
Obecnie skansen w Olsztynku zajmuje około 77 ha, znajduje się tu 68 obiektów architektonicznych (13 przeniesionych z Królewca) oraz ekspozycje rzadkich gatunków zwierząt gospodarskich polskiego pochodzenia.
30 grudnia 2008 r. Muzeum zostało wpisane do Państwowego Rejestru Muzeów prowadzonego przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Muzeum Budownictwo Ludowego – Park Etnograficzny w Olsztynku w prestiżowym Państwowym Rejestrze Muzeów znajduje się pod numerem 99.