Systematyka Opisano ponad 1400 gatunków współcześnie żyjących madreporowców zaliczanych do 27 rodzin. Znanych jest też około 5000 gatunków kopalnych. Wśród żyjących wyróżnia się dwie główne grupy ekologiczne. Pierwsza obejmuje około 660 gatunków rafotwórczych występujących w czystych i płytkich wodach tropikalnych. Do drugiej zaliczono prawie 670 gatunków w pozostałych strefach oceanów. Relacje pokrewieństwa pomiędzy nimi nie zostały poznane. W 1956 roku Wells podzielił korale madreporowe na pięć podrzędów: 240px|thumb|Madrepora occulata Astrocoeniina Vaughan & Wells, 1943 Caryophylliina Vaughan & Wells, 1943 Dendrophylliina Vaughan & Wells, 1943 Faviina Vaughan & Wells, 1943 Fungiina Koncepcja ta, jak również kilka innych, nie znajduje potwierdzenia w dotychczasowych badaniach. Klady proponowane w oparciu o dane molekularne nie korespondują z kladami wyznaczanymi na bazie cech morfologicznych.