W 1657 miasto zostało utracone przez Polskę. W XVII w. znaczny rozwój sukiennictwa. Niszczone przez pożary 1593, 1624, 1629, 1716. Pożary rynku 1898–1904, po czym planowa odbudowa.

Ponieważ przed 1773 na sąsiedniej polskiej Warmii protestanci mogli przebywać nie dłużej niż rok, wielu z nich – zwłaszcza z Braniewa – omijało ten przepis, przenosząc się na 1 dzień właśnie do pobliskich Cynt. Stąd w mowie potocznej aż do XX w. miasteczko nazywane było żartobliwie „zagranicą” – (niem. Ausland).

Przed II wojną światową Cynty liczyły 6000 mieszkańców, należały do powiatu świętomiejskiego i miały charakter miasta garnizonowego. Były węzłem kolejowym linii Królewiec-Olsztyn, Królewiec-Lidzbark Warmiński i Cynty-Święta Siekierka ze stacją Korniewo. Cynty były również uzdrowiskiem (stacja klimatyczna Waldhof w lesie miejskim Dąbrowa / Damerau).