Wyrokiem Sądu Najwyższego z 15 stycznia 1992 został całkowicie oczyszczony z zarzutów postawionych mu w 1968.
Jakub Szadaj w 1993 reaktywował i od tego czasu przewodniczył Gminie Wyznaniowej Żydowskiej w Gdańsku. W 1999 został wykluczony ze Związku Gmin Wyznaniowych ŻydowskichŻydowskie spory o mienie żydowskie na stronie forum-znak.org.pl i założył w 2000 roku Niezależną Gminę Wyznania Mojżeszowego, której jest obecnie przewodniczącym. Jest jednym z głównych organizatorów Bałtyckich Dni Kultury Żydowskiej.
Ordery i odznaczenia Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (28 kwietnia 2008) „za wybitne zasługi w działalności na rzecz przemian demokratycznych w Polsce, za osiągnięcia w pracy zawodowej i społecznej”.Uroczystość u Prezydenta RP, w dniu 3 maja 2008 na stronie Niezależnej Gminy Wyznania Mojżeszowego Srebrny Krzyż Zasługi (10 listopada 2005) „za wzorowe, wyjątkowo sumienne wykonywanie obowiązków wynikających z pracy zawodowej”. Krzyż Wolności i Solidarności (2018) Medal Księcia Mściwoja II (2011)
Nagrody