Protection W 1994 ukazała się druga płyta, zatytułowana Protection. Sharę Nelson, która rozpoczęła solową karierę, zastąpiła Tracey Thorn, wokalistka alterpopowego zespołu Everything but the Girl. Zaśpiewała dwa utwory (tytułowy i „Better Things”). Druga z wokalistek obecnych na tym albumie – Nicolette Suwoton – zaśpiewała w „Three” i „Sly”. W dwóch kolejnych „Spying Glass” i „Light My Fire” pojawił się Horace Andy. W „Karmacoma” oraz „Eurochild” rapowali del Naja, Daddy G oraz Tricky. Dwa utwory na albumie, „Weather Storm” i „Heat Miser”, to utwory instrumentalne.
W 1995 roku wydany został album No Protection Mad Professora. Są to dubowe przeróbki każdej z kompozycji z Protection.
Mezzanine Trzeci album, zatytułowany Mezzanine, ukazał się w 1998 roku. Jest to ostatnia produkcja, którą swoimi nazwiskami firmuje trójka założycieli zespołu. Tym razem wokalistką, która brała udział w nagraniu, została Elizabeth Fraser, znana z Cocteau Twins, zespołu, którego brzmienie (szczególnie LP Garlands) odcisnęło się bardzo wyraźnie na Mezzanine, jak i następnych płytach MA. Odegrała ogromną rolę w przygotowywaniu nagrań, zaśpiewała w trzech z nich, w tym w „Teardrop”. W utworze „Dissolved Girl” wystąpiła natomiast brytyjska wokalistka Sarah Jay.