Dekanat makowski znalazł się w całości w diecezji krakowskiej i tak pozostaje do chwili obecnej. 17 czerwca 1886, podczas uroczystego nabożeństwa w katedrze wawelskiej, księża z parafii powracających do diecezji krakowskiej złożyli homagium ordynariuszowi Albinowi Dunajewskiemu.
W drugiej połowie XIX wieku liczba parafian systematycznie rosła, ulegając niemal podwojeniu między 1850 a 1890. Od lat siedemdziesiątych XIX wieku rozwijał się w Zawoi ruch bractw i towarzystw pobożnych. W 1875 powstało Bractwo Apostolstwa Modlitwy. W następnym roku powołano Arcybractwo Wiecznego Różańca i Bractwo Żywego Różańca. W 1887 powstało Bractwo III Zakonu św. Franciszka, do którego na wstępie wpisało się ponad sto osób. W 1890 powołano Bractwo Wstrzemięźliwości, które miało za zadanie wspierać walkę z pijaństwem. Codzienna posługa duszpasterska w Zawoi została opisana w aktach diecezjalnych z 1886.