Na ratunek uwięzionym tam politykom zostaje wysłana drużyna Navy SEALs oraz nowy agent FOXHOUND – Raiden.
Rozgrywka Rozgrywka nie różni się znacznie od tej w części pierwszej – kamera umiejscowiona jest pod pewnym kątem nad głową bohatera, która miejscami zmienia swoje ułożenie. W widoku z pierwszej osoby (FPP) gracz ma możliwość lepszego wycelowania w przeciwnika i strzelenia, czego nie można było robić w poprzedniku. Prócz paska zdrowia został dodany również pasek staminy (głównie u bossów), dzięki czemu, przy odpowiedniej broni, można przejść grę, nikogo przy tym nie zabijając.
Substance Metal Gear Solid 2: Substance to rozszerzone wydanie Sons of Liberty wydane w 2002 roku na PlayStation 2, PC i konsolę Xbox. Wydanie to zawiera pewne dodatki względem wersji pierwotnej. Tryb Boss Survival, w którym jest możliwość ponownej walki ze wszystkimi bossami. Dodatkowa gra Skateboarding, która rozgrywką przypomina grę z serii Tony Hawk’s. Jest dostępna tylko na PS2. Seria pięciu Snake Tales w których głównym bohaterem jest Solid Snake – jest to w pewnym sensie rekompensata za częściowy brak Snake’a w drugim scenariuszu Raidena. 500 treningowych misji. Tryb Casting Theater, w którym gracz ma możliwość obejrzenia wstawek filmowych z gry i manipulowania bohaterami (np.