Latem 2000 roku Vágner znów postanowił spróbować swoich sił w Europie i wyjechał do hiszpańskiej Celty Vigo. W Primera División zadebiutował 10 września w wygranym 2:0 wyjazdowym meczu z CA Osasuna. W Celcie występował w pierwszym składzie wraz z innymi rodakami, Dorivą oraz Edu. W 2001 roku zajął z Celtą szóste miejsce w lidze, w 2002 – piąte, a w 2003 – czwarte. W sezonie 2003/2004 zadebiutował w rozgrywkach Ligi Mistrzów. Na koniec sezonu zajął jednak z Celtą przedostatnią 19. pozycję, a klub z Vigo spadł do Segunda División. Vágner wrócił do ojczyzny i do końca 2004 roku grał w Clube Atlético Mineiro, a następnie zakończył piłkarską karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1991 Paulista Futebol Clube
Campeonato Brasileiro ? ? 1992 Paulista Futebol Clube
Campeonato Brasileiro ? ? 1993 União São João
Campeonato Brasileiro 13 0 1994 União São João
Campeonato Brasileiro 20 3 1995 Santos FC
Campeonato Brasileiro 16 4 1996 Santos FC
Campeonato Brasileiro 17 1 1997 Santos FC
Campeonato Brasileiro 17 0 1997/98 AS Roma
Serie A 11 0 1998 CR Vasco da Gama
Campeonato Brasileiro 12 0 1999 São Paulo Futebol Clube
Campeonato Brasileiro 11 1 2000 SE Palmeiras
Campeonato Brasileiro 1 0 2000/01 Celta Vigo
Primera División 27 1 2001/02 Celta Vigo