W późnych latach 80. XX w., badający dolinę Philip Gingerich nadał jej nazwę Whale Valley (tłum. dolina wielorybów) z uwagi na znalezione to liczne skamieniałości wymarłych ssaków morskich. Jej arabskie tłumaczenie Wadi al-Hitan zostało wkrótce uznane przez władze egipskie za oficjalną nazwę doliny.
Położenie Wadi al-Hitan leży w północno-zachodnim Egipcie, około 150 km na zachód od Kairu i około 70 kilometrów na południowy zachód od oazy Fajum w muhafazie Fajum, w obrębie obszaru chronionego Wadi ar-Rajjan.
Geografia Dolina znajduje się na Pustyni Zachodniej. Góruje nad nią Karat Dżahannam (tłum. góra piekła). Krajobraz doliny obfituje w charakterystyczne formy skalne powstałe w wyniku erozji wiatrowej: wzgórza, bajeczne kominy oraz formy battich (dosł. arbuzy). Formy battich powstały w jeziorze Karun utworzonym 5000 lat temu po wylaniu Nilu, którego powierzchnia ulega systematycznemu zmniejszaniu. Punktem charakterystycznym doliny jest wzgórze Al-Achawat as-Salas (dosł. trzy siostry) z trzema szczytami.