Historia Idea budowy elektrowni w tym miejscu powstała w 1904 roku, ale odległa lokalizacja i skala trudności technicznych uniemożliwiła realizację tego projektu. Decyzja o budowie elektrowni zapadła po II wojnie światowej, gdy w pobliżu odkryto złoża boksytu. W 1956 roku powstała spółka Commonwealth Aluminium Corporation Pty Ltd, znana później jako Comalco. Zaczęła poszukiwać taniej energii.
Budowę elektrowni Manapōuri rozpoczęto w 1964 roku. 1800 pracowników pracowało przez osiem lat w niezwykle trudnych warunkach. Śmierć w trakcie budowy poniosło 16 mężczyzn, co upamiętnia specjalna tablica wmurowana w ściany elektrowni. Zbudowano kilka tuneli dostępu. Wykopano 10-kilometrowy tunel, aby odprowadzić wodę ze stacji do zatoki Deep Cove w fiordzie Doubtful Sound. Po raz pierwszy moc została wygenerowana we wrześniu 1969 roku po zainstalowaniu dwóch generatorów. Stacja ukończona w 1972 roku, kiedy oddano do eksploatacji siódmy i ostatni generator. Jednak projektanci nie doszacowali tarcia pomiędzy wodą a ścianami tunelu prowadzącego do DeepCove, w wyniku czego nie był on w stanie odprowadzić takiej ilości wody, która pozwoliłaby pracować zainstalowanym turbinom Francisa z pełną wydajnością. Z tego powodu moc dostarczana przez elektrownię ograniczona była do 585 MW. Dopiero w 1998 roku zaczęto prace nad drugim tunelem.