Otrzymał wtedy pozwolenie na sprawowanie jednej mszy św. niedzielnej w pobliskich parafiach Ludzisko i Rzadkwin. Nie wolno mu jednak było udzielać żadnych sakramentów św. Miał też kategoryczny zakaz wykonywania jakichkolwiek dodatkowych czynności kapłańskich. Do tych rozkazów jednak się nie dostosował. Wczesnym rankiem lub późnym wieczorem, w cywilnym ubraniu, odwiedzał chorych, spowiadał wiernych, chrzcił dzieci i błogosławił małżeństwa. Codziennie nocą odprawiał eucharystię. Dnia 10 lutego 1941 o. Józef otrzymał zakaz sprawowania jakichkolwiek czynności kapłańskich. Nie podporządkował się jednak i temu zakazowi. W dniu aresztowania, po odprawieniu po północy mszy św. zwrócił się do usługującego do mszy brata zakonnego: „Bracie, dzisiaj złożyłem Bogu ostatnią Ofiarę. Radzę wam, po raz ostatni się u mnie wyspowiadać”. Tego też dnia został aresztowany i wywieziony do obozu w Inowrocławiu (02.–07.04.1941), z przeznaczeniem do Mauthausen k. Linzu w Austrii, do którego deportowano więźniów „mocno obciążonych, recydywistów i aspołecznych”. Podjęto wtedy starania o jego zwolnienie. Wstawiało się za nim wielu ludzi, zwłaszcza Niemców z Lublińca, podkreślając, że uczył tam języka niemieckiego i służył z jednakowym zaangażowaniem wszystkim ludziom, zarówno Niemcom, jak i Polakom, nie robiąc między nimi żadnych różnic.