W 1996 Singh został wybrany w skład Rajya Sabhy, wyższej izby parlamentu. 25 marca 1997 objął funkcję prezydenta IPL w stanie Uttar Pradesh i w 1999 został ministrem transportu w rządzie lokalnym tego stanu. Dodatkowo w rządzie premiera Atala Behari Vajpayee objął stanowisko ministra rolnictwa.
Przewodniczący Indyjskiej Partii Ludowej 24 grudnia 2005 po rezygnacji ze stanowiska przewodniczącego IPL przez Lal Krishnę Advaniego, Rajnath Singh został wybrany jego następcą. W listopadzie 2006 uzyskał jednogłośnie reelekcję na stanowisku.
Rajnath Singh przejmował partię, w czasie w którym przezywała ona wewnętrzny kryzys. W 2004 IPL przegrała wybory i oddała władzę (premier Vajpayee ustąpił), a rok później ze stanowiska przewodniczącego w atmosferze konfliktu ustąpił jej prominentny działacz, Advani.
Przywództwo Singha rozpoczęło się od porażek wyborczych IPL w pięciu stanach w maju 2006. Jednak w 2007 partia zwyciężyła w wyborach w stanie Uttar Pradesh, Pendżab oraz Uttarakhand.
W maju 2007 Rajnath Singh poparł kandydaturę Advaniego do urzędu premiera w wyborach parlamentarnych w 2009.