Jego brat Gotthard Friedrich Hippel (1743-1809), pastor w miejscowości Arnau pod Królewcem, był ojcem Theodora Gottlieba von Hippela (1775-1843), często mylonego ze stryjem z powodu zbieżności imion, urzędnika administracji pruskiej w Kwidzynie, Opolu i Bydgoszczy, autora słynnej odezwy wydanej we Wrocławiu w okresie wojen napoleońskich w imieniu króla Fryderyka Wilhelma III An Mein Volk.
W roku 1756, w wieku 15 lat, Hippel został immatrykulowany na Uniwersytecie Albertyna w Królewcu, gdzie w semestrze zimowym rozpoczął studia teologiczne. W tym okresie był też słuchaczem wykładów z matematyki i filozofii (od roku 1758 metafizyki u magistra Kanta).
W roku 1761, podczas rosyjskiej okupacji Królewca (1758-1762), Hippel udał się do Petersburga wraz ze swym młodzieńczym przyjacielem, którym był Holender Hendrik van Keyser, w celu złożenia trybutu carycy Elżbiecie (1709-1762) od władz okupowanej prowincji. Podróż do Rosji wywarła ogromne wrażenie na Hippelu. Po powrocie do Królewca (marzec 1761) zadecydował o zmianie kierunku studiów z teologicznych na prawnicze, które skończył w roku 1764 i podjął nieudane starania o posadę adwokata przy Trybunale Dworskim (Hofgerichtsadvokatur).