Teksty Fatosa Lubonji stały się dostępne także dla polskiego czytelnika dzięki tłumaczeniom Doroty Horodyskiej. Zbiór tekstów ukazał się także w formie książki, wydanej przez Pogranicze w 2005 r., z przedmową Konstantego Geberta. W latach 2002–2008 Lubonja czterokrotnie odwiedził Polskę. Uczestniczył w dwóch projektach, realizowanych przez Wydawnictwo Czarne: Nostalgia – o tęsknocie za komunizmem i Znikająca Europa. W październiku 2008 r. wziął udział w IV edycji Festiwalu Opowiadania we Wrocławiu. Zaprezentował tam opowiadanie „Nieopublikowany wstęp”. W 2025 książka Lubonji Drugi wyrok znalazła się w finale Literackiej Nagrody Europy Środkowej Angelus.
Nagrody i wyróżnienia W 2002 uzyskał Nagrodę Moravii, a w 2004 Nagrodę Herdera. 8 października 2009 został uhonorowany nagrodą im. Sérgio Vieira de Mello przyznawaną za zasługi dla pokojowego współistnienia i współdziałania społeczeństw, religii i kultur. Uroczystość wręczenia nagrody odbyła się w krakowskiej Willi Decjusza. W 2015 został laureatem holenderskiej nagrody Prince Claus, a w 2018 nagrody literackiej Benevento Braille.