Przed wybuchem powstania styczniowego Kolbemu polecono zajęcie Przasnysza, ale akcja się nie powiodła. W końcu stycznia Kolbe zaczął organizować partię powstańczą w Przasnyskiem. 3 lutego 1863 Kolbe na czele oddziału wyparł z Chorzel do Prus piechotę rosyjską, 4 lutego zajął Janowo. W zajętych ośrodkach ogłaszał władzę powstańczego Rządu Narodowego i uwłaszczenie chłopów. Następnie wraz ze swoją partią (około 100 ludzi) przeszedł w Mławskie. 15 lutego pod Dębskiem został ranny, jednak już w kwietniu utworzył w okolicach Ciechanowa nowy oddział.
W trakcie bitwy pod Rydzewem 5 maja został śmiertelnie ranny lub się postrzelił, nie chcąc trafić w ręce wroga. Pogrzeb Kolbego zgromadził ogromne tłumy włościan. Ciało zostało pochowane na cmentarzu w Unierzyżu.
Inni dowódcy powstańczy odwoływali się do legendy Kolbego jako wybitnego dowódcy i przybierali jego nazwisko jako pseudonim konspiracyjny.
Upamiętnienie W 1963 Towarzystwo Miłośników Ziemi Ciechanowskiej ufundowało tablicę pamiątkową, którą umieszczono na ścianie szkoły w Rydzewie. Placówka nosiła imię Tomasza Kolbego.
W Ciechanowie w pobliżu kościoła Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny znajduje się pomnik T. Kolbego.